В Joomla 3 отлично проработаны разные стили меню, как для вертикального, так и для горизонтального меню. Основная информация находится тут.
Убедитесь, что у вас установлен шаблон Protostar, т.к. именно этот шаблон позволяет использовать данные стили для меню.
Для изменения стиля меню, необходимо войти в модуль для этого меню и в настройках задать: Позицию и суффикс класса меню. Позиция определяет тип меню (горизонтальное или вертикальное), а суффикс - стиль этого меню.
Для горизонтального меню имеются два стиля:
nav nav-pills
и
nav nav-tabs
Для вертикального типа меню:
Первый стиль
nav nav-pills nav-stacked
Второй стиль
nav nav-tabs nav-stacked
Третий стиль
nav nav-list