В Joomla 3 отлично проработаны разные стили меню, как для вертикального, так и для горизонтального меню. Основная информация находится тут.

Убедитесь, что у вас установлен шаблон Protostar, т.к. именно этот шаблон позволяет использовать данные стили для меню.

Для изменения стиля меню, необходимо войти в модуль для этого меню и в настройках задать: Позицию и суффикс класса меню. Позиция определяет тип меню (горизонтальное или вертикальное), а суффикс - стиль этого меню.

Для горизонтального меню имеются два стиля:

nav nav-pills

и

nav nav-tabs

Для вертикального типа меню:

Первый стиль

nav nav-pills nav-stacked

Второй стиль

nav nav-tabs nav-stacked

Третий стиль

nav nav-list