ALTER DATABASE `имя таблицы` DEFAULT CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci

Делаем дамп:

mysqldump -h имя_хоста_mysql -u логин_mysql -ppassword -B имя_базы_данных > database.mysql

Конвертируем:

iconv -f CP1251 -t UTF-8 database.mysql > database.mysql.utf8

Восстанавливаем:

mysql -h имя_хоста_mysql -u логин_mysql -ppassword -B имя_базы_данных < database.mysql.utf8

Посмотреть какие кодировки поддерживаются можно

iconv -l